Bioinformatika adalah ilmu yang mempelajarai penerapan teknik komputasional untuk mengolah informasi biologis. Ilmu ini mencakupin penerapan metode - metode matematika, statistika, dan informatika dalam memecahkan masalah biologis, terutama menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.
Sejarah Bioinformatika
Bioinformatika dikemukakan pada tahun 1980-an, dimana pada masa itu
komputer mulai digunakan dalam analisis yang bersifat biologis, tetapi,
bioinformatika sudah diterapkan sejak tahun 1960-an. Bioinformatika
pertama digunakan untuk mengungkap sekuens biologis pada protein.
Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).
Penerapan Bioinformatika
1. Bioinformatika dalam bidang klinis
Perananan Bioinformatika dalam bidang klinis ini sering juga disebut
sebagai informatika klinis (clinical informatics). Aplikasi dari
clinical informatics ini adalah berbentuk manajemen data-data klinis
dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan
oleh Clement J. McDonald dari Indiana University School of Medicine pada
tahun 1972 [5]. McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33 orang
pasien penyakit gula (diabetes). Sekarang EMR ini telah diaplikasikan
pada berbagai penyakit. Data yang disimpan meliputi data analisa
diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, foto ronsen, ukuran
detak jantung, dll. Dengan data ini dokter akan bisa menentukan obat
yang sesuai dengan kondisi pasien tertentu. Lebih jauh lagi, dengan
dibacanya genom manusia, akan memungkinkan untuk mengetahui penyakit
genetik seseorang, sehingga personal care terhadap pasien menjadi lebih
akurat.
2. Penyejajaran Sekuens
adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Baris sekuens dalam suatu alignment
diberi sisipan (umumnya dengan tanda "–") sedemikian rupa sehingga
kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara
sekuens-sekuens tersebut.
Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search)
pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens
baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang
dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar